Mitte Dezember 2009 wird in München der neue S-Bahn-Haltepunkt Hirschgarten in Betrieb genommen. Aufgrund einer Haltezeit aller S-Bahnen von gut einer Minute am neuen Haltepunkt kommt es ab 13. Dezember 2009 zu Änderungen am komplexen Fahrplangefüge der S-Bahn München. Die Bayerische Eisenbahngesellschaft mbH (BEG), die den Schienenpersonennahverkehr im Auftrag des Freistaats Bayern plant, bestellt und überwacht, hat in Zusammenarbeit mit der S-Bahn München und der Münchner Verkehrs- und Tarifverbund GmbH (MVV) die neuen Fahrpläne erarbeitet. Die BEG und den MVV haben in letzter Zeit vermehrt Fragen erreicht, mit welchen Veränderungen in der S-Bahn-Linien-führung ab Ende nächsten Jahres zu rechnen sei.

Der neue Haltepunkt Hirschgarten an der S-Bahn-Stammstrecke zwischen den bestehenden Bahnhöfen Donnersbergerbrücke und Laim soll die entstehenden Stadtquartiere nördlich der Friedenheimer Brücke im Bereich des ehemaligen Rangierbahnhofs erschließen. Für den Haltepunkt werden an Werktagen rund 15.000 Ein- und Aussteiger erwartet. Durch den zusätzlichen Halt auf der Stammstrecke kommt es zu Fahrzeitverlängerungen bei allen S-Bahn-Linien von ungefähr einer Minute. Diese Fahrzeitverlängerung kann wegen vielfältiger Anschlussbeziehungen im Bahnnetz nicht einfach bis an den Endpunkt der jeweiligen Linie hinausgeschoben werden. So sind z.B. in Tutzing die Anschlüsse zum Werdenfels-Takt oder auf den Linien nach Herrsching, Erding und Kreuzstraße eingleisige Streckenabschnitte zu berücksichtigen. Daher entschieden sich die Planer von S-Bahn, MVV und BEG dafür, die Fahrpläne auf den S-Bahn-Außenästen im Westen und Osten im Wesentlichen unverändert zu belassen, jedoch die Linien auf der Stammstrecke neu miteinander zu verknüpfen.

Dies führt zu folgenden Änderungen:

• Die S 4 von Mammendorf (derzeit nach Ebersberg) fährt zukünftig als S 3 nach Holzkirchen. 
• Die S 8 von Geltendorf (heute zum Flughafen) wird künftig als S 4 nach Ebersberg geführt. 
• Die S 5 von Herrsching (gegenwärtig nach Holzkirchen) wird künftig als S 8 zum Flughafen fahren. 
• Die S 6 von Tutzing nach Kreuzstraße fährt zukünftig nur noch bis zum Ostbahnhof und im Berufsverkehr weiter bis nach Zorneding/Grafing. 
• Die S 7 von Wolfratshausen zum Ostbahnhof fährt zukünftig bis Kreuzstraße. 

Die S 1 vom Flughafen bzw. von Freising zum Ostbahnhof, die S2 von Petershausen nach Erding, die S20/S27 nach Deisenhofen sowie die Linie A von Altomünster nach Dachau bleiben unverändert.

Mit den neuen Fahrplänen können die bekannten Abfahrtszeiten an den meisten Haltestellen auf den S-Bahn-Außenästen beibehalten werden. So bleibt für einen Großteil der S-Bahn-Fahrgäste der Fahrplan wie gewohnt. Für einen Teil der Fahrgäste erhält die gewohnte Linie lediglich eine neue Liniennummer. Die Änderung der Linienführung ist für die Fahrgäste letztendlich wenig bedeutsam, da durch regelmäßige Befragungen bekannt ist, dass nur sehr wenige Fahrgäste von einem Linienast einer S-Bahn-Linie durch die Innenstadt hindurch zum anderen Linienast der selben Linie fahren.

Neue, gegenüber dem aktuellen Fahrplan um 10 Minuten verschobene Fahrzeiten erhält nur die zukünftige S 3 auf dem Streckenast vom Ostbahnhof über Giesing nach Holzkirchen. Dabei kommt diese Änderung im Berufsverkehr zwischen Ostbahnhof und Deisenhofen dank des 10-Minuten-Taktes ohnehin nicht zum Tragen.

Zum Fahrplanwechsel 2008/2009 am 14. Dezember 2008 wird es zu keinen Veränderungen in der S-Bahn-Linienführung kommen.