Nach dem Grundgesetz ist der Bund für die Infrastruktur des Regionalverkehrs zuständig. Doch in der Praxis sind Verkehrsplanung und Infrastruktur eng miteinander verwoben. Deshalb hat die BEG eine eigene Abteilung für Infrastruktur.
Ihre wichtigste Aufgabe ist es, die Anforderungen des Schienenpersonennahverkehrs an die Infrastruktur in Bayern zu definieren. Häufig scheitern Angebotsverbesserungen nicht an mangelnder Nachfrage, sondern an der unzureichenden Infrastruktur. Konkret messen die Mitarbeiter der Abteilung die Wunschfahrpläne der BEG an der Realität der vorhandenen Infrastruktur. Daraus ergibt sich ein Forderungskatalog, wie die Schieneninfrastruktur in Bayern ausgebaut werden sollte.
Diese Infrastrukturdefizite diskutiert die BEG regelmäßig mit DB Netz, dem bundeseigenen Unternehmen, dem der überwiegende Teil des deutschen Schienennetzes gehört: Welche Möglichkeiten gibt es, Engpässe akut zu beheben oder zu umgehen? Welche Infrastrukturmaßnahmen haben aus Sicht der BEG Priorität? Da es nur begrenzte Bundesmittel für die Schieneninfrastruktur gibt, sind längst nicht alle Wünsche der BEG umsetzbar. Umso wichtiger ist es, dass die BEG über einen klaren, langfristig angelegten Plan für die Weiterentwicklung der Infrastruktur verfügt.
Ein weiterer Arbeitsschwerpunkt der BEG-Infrastrukturexperten ist die fachliche Begleitung von Ausbauprojekten. Beispiele sind die 2. Stammstrecke im Münchner S-Bahn-Netz und der Bau diverser Linien bei der S-Bahn Nürnberg. Bei diesen Projekten übernimmt der Freistaat erhebliche Beiträge zur Finanzierung. Eine intensive Betreuung ist daher notwendig. Um bei Baustellen nicht vermeidbare Einschränkungen für Fahrgäste so weit wie möglich abzumildern, versucht die BEG auch Einfluss auf die Gestaltung von Baustellen im Bahnnetz zu nehmen.